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1590年（天正18）、ヨーロッパ歴訪の旅を終えた天正遣欧使節が帰国した。この使節を計画した巡察師ヴァリアーノは、日本における司祭の教育機関を設置したが、教科書などを日本で印刷出版する必要性を痛感していたため、遣欧使節に洋式印刷術を学ぶことと、活版印刷機を持ち帰ることを指示していた。しかし、使節が帰国したときは豊臣秀吉の布教禁止令がでていたため、このとき持ち帰った印刷機と金属製ローマ字活字による出版事業は、島原半島南端に近い加津佐（かづさ）のコレジオで開始された。
91年にはローマ字体の『サントスの御作業の内、抜書』が初めて印刷されたが、ひらがなと漢字の木活字による『どちりなきりしたん』も同年に出版された。また1600年（慶長5）、長崎の後藤登明宗印はイエズス会から国字本印刷を委託され、京都の原田アントニオも国字本印刷に携わった。これらはキリシタン版あるいは日本イエズス会版と称され、1614年（慶長19）までの20数年間に多くの書物が刊行されたが、現在、31点73本が残されているのみである。
『こんてむつすむん地』などの教理書をはじめ、『日葡辞書』『拉丁文典』『日本大文典』などの辞書・語学書、『平家物語』『和漢朗詠集』『伊曾保（イソップ）物語』などの古典文学書、また教訓書『ぎや･ど･ぺかどる』といった書物が出版されたが、日本人司教セルケイラ編纂の典礼書『サカラメンタ提要』は二色刷の音譜を掲載し、高度な印刷技術を有していた。
なおこれらキリシタン版は、一点につきおよそ1500部くらい印刷された。また、使用された活字はローマ字、国字（漢字、ひらがな、カタカナ）があり、欧文書と和文書があった。キリシタン版は書誌学的にはもちろんのこと、思想、文学、国語学の面で計り知れない価値を持つと同時に、当時の宣教師や日本人識者の才能の高さを示すものでもあった。