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都市が発展するにつれて生活物資の流通が増大すると、経済性の高い海運が大きな比重を占めていった。使用された船は帆走性、操櫓性、海底の深浅に応じた船底構造など、地域によってさまざまであった。瀬戸内方面では二形船、弁財船、押回し、九州ではアダテ、伊勢地方では伊勢船、北国地方では北国船、羽賀瀬（はがせ）、間瀬（まぜ）などの船があり、船型や構造はそれぞれ異なった。これに五大力（ごだいりき）、イサバ、猪牙（ちょき）といった小型船を加えるとその種類は相当な数にのぼった。
二形船は末期遣明船の形と構造を持つもので、軍用船の艤装を施せば安宅船（あたけぶね）に転用できた。「二形」とは、船首上部が箱形で、それにつづく下部が鋭角の水押（みよし）造であることからそう呼ばれた。中世末期から近世初期にかけて、大型回船の代表的存在として瀬戸内をはじめ、九州、伊勢、関東まで幅広く活躍した。
弁財船というのは「ベザイ」の当て字とされるが、本来の意味は不明である。二形船の発展した形であるが、船首以外、基本構造はほとんど変わらない。文禄・慶長の役のさいに毛利、島津、鍋島などの大名が準備した荷船の大半も、弁財船であったとみられる。また、江戸－大坂間の海運で活躍した菱垣（ひがき）回船や樽回船なども同様であった。
古くから海運・造船の中心地のひとつであった伊勢地方では、伊勢船と呼ばれる船が活躍した。これも二形船と同じく、艤装すれば安宅船となり、文禄・慶長の役には多数が建造されたが、堅牢性には定評があった。
近世前期、北陸・東北地方の商品は小浜・敦賀を経由し、琵琶湖の水運によって畿内に運ばれた。とくに桃山時代の築城をはじめとする建設ブームの時には、大量の木材が東北から運搬された関係から日本海ルートが発達し、北国船、羽賀瀬船が主力となって活躍した。冬期の日本海は波浪が高いため、これらの船は、鋭い波に船首を突っ込まない予備浮力を備えた幅の広い船首を持ち、多少岩礁に接触しても破損しない頑丈な船底を持っていた。　